# Adjusted PAM200 scoring matrix as used by default in MAFFT.
#	Katoh Misawa Kuma and Miyata (2002) NAR 30(14) 3059-3066.
#  Ajout de la pénalité de codon stop en cours de sequence *
# gestion des ? moyenne sur la matrice des scores moyens de substitution pour chacun des acides aminés 20.4125
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y X
408 20 54 52 -182 179 -68 109 -35 -47 39 106 206 -14 -12 257 293 191 -306 -219 20
20 1190 -228 -295 94 6 63 -131 -184 -176 -112 -29 -122 -195 49 185 13 -49 199 333 20
54 -228 645 516 -399 168 98 -225 75 -341 -235 352 -149 142 -44 65 7 -147 -418 -128 20
52 -295 516 630 -460 145 45 -225 195 -307 -222 186 -121 299 54 -10 -36 -130 -366 -285 20
-182 94 -399 -460 908 -387 82 100 -423 340 87 -216 -160 -274 -307 -31 -153 51 19 604 20
179 6 168 145 -387 682 -94 -196 -14 -304 -226 99 -57 -48 117 175 41 -73 -38 -329 20
-68 63 98 45 82 -94 786 -185 164 -72 -132 258 86 388 277 55 -15 -197 -181 488 20
109 -131 -225 -225 100 -196 -185 574 -204 308 411 -94 -95 -202 -188 1 182 489 -254 -133 20
-35 -184 75 195 -423 -14 164 -204 652 -229 -98 206 -66 335 486 22 39 -207 -196 -244 20
-47 -176 -341 -307 340 -304 -72 308 -229 611 389 -203 73 -66 -150 -49 -21 259 -46 -9 20
39 -112 -235 -222 87 -226 -132 411 -98 389 776 -111 -78 -104 -109 -29 149 351 -209 -162 20
106 -29 352 186 -216 99 258 -94 206 -203 -111 536 -1 108 93 260 188 -98 -359 12 20
206 -122 -149 -121 -160 -57 86 -95 -66 73 -78 -1 756 142 25 241 159 -55 -353 -206 20
-14 -195 142 299 -274 -48 388 -202 335 -66 -104 108 142 655 321 7 -15 -175 -223 -53 20
-12 49 -44 54 -307 117 277 -188 486 -150 -109 93 25 321 626 48 16 -181 124 -113 20
257 185 65 -10 -31 175 55 1 22 -49 -29 260 241 7 48 373 279 28 -193 -35 20
293 13 7 -36 -153 41 -15 182 39 -21 149 188 159 -15 16 279 442 163 -323 -170 20
191 -49 -147 -130 51 -73 -197 489 -207 259 351 -98 -55 -175 -181 28 163 525 -225 -177 20
-306 199 -418 -366 19 -38 -181 -254 -196 -46 -209 -359 -353 -223 124 -193 -323 -225 1495 83 20
-219 333 -128 -285 604 -329 488 -133 -244 -9 -162 12 -206 -53 -113 -35 -170 -177 83 999 20
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20
